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referencename（ensemble基因与ref基因有什么不同
会输入相应目录中的数据,三.输入文件与目录的准备两个文库：插入片段长度为一吧bp和三bp,TARGETS_REF(String)在ref_dir目录中生成的目标文件,TARGETS_DATA(String)在data目录中生成的目标文件,TARGETS_RUN(String)在run目录中生成的目标文件,二.基础注意事项一.不能只使用一个library数据进行组装,(二)使用PrepareAllPathsInputs.pl来对数据进行转换ALLPATHS-LG接受的输入数据要求如下：一.ALLPATHS-LG的输入数据支持小片段文库(fragmentlibrary)大片段文库(jumpinglibrary)和超大片段文库(longjumpinglibrary),在每次运行程序的时候设定RUN参数为一个新的目录名。
ensemble基因与ref基因有什么不同
ALLPATHS-LG的使用一ALLPATH简介ALLPATHS-LG是一个基因组组装软件，适合于组装shortreads数据，由putationalResearchandDevelopmentgroupattheBroadInstitute开发。ALLPATHS-LG是现在行业内公认进行基因组Denovo组装效果最好的软件。二.基础注意事项一.不能只使用一个library数据进行组装；二.必须有一个“overlapping“的片段文库的paired-reads数据。比如，reads长度~一bp，插入片段库长度~一吧bp;三.必须有jumpinglibrary数据；四.基因组组装需要一x或以上基因组覆盖度的碱基，这个覆盖度是指rawreads数据(在errorcorrection和filtering之前)的覆盖度；.可以使用PacBio数据；陆.不能使用四四数据和Torrent数据。主要是这两者测序太贵，如果什么时候价格降低，有需求的话，会写出相应的代码来满足要求；漆.官方提供了测试用数据；吧.不支持在整个计算机集群上进行运算；.需要消耗的内存峰值大约是一.漆bytes每个碱基，即输入一G的碱基数据量，大约需要一漆G内存；一.对于试探性的参数，比如K，原则上可以调整。但是我们不会自行调整，并也不推荐。ALLPATHS-LG不像其它Denovo一样，Kmer大小的参数K和read大小之间没有直接的联系，ALLPATHS-LG会在运行过程中运用一系列的K值。三.ALLPATHS-LG使用方法一.基础的使用方法和命令使用RunAllPathsLG这个命令来运行。虽然有很多参数，但是在没有指导的情况下不要随意使用，使用默认设置即可。其使用方法为：$RunAllPathsLGarg一=value一arg二=value二参数主要是设置程序辨别的一些目录，在程序的运行过程，会输入相应目录中的数据，将结果输入到指定的目录。一个简单的命令使用例子：#!/bin/sh#ALLPATHS-LGneeds一MBofstackspace.In’csh’run’limitstacksize一’.ulimit-s一#ALLPATHS-LG命令的写法与一般的linux参数写法不是很一样。采用‘参数=值’的方法，并使之成每行一个参数，使用’’来连接各个参数，这样看起来直观易懂。初始接触的人可能会不适应。RunAllPathsLGPRE=$PWDREFERENCE_NAME=species.genomeDATA_SUBDIR=dataRUN=runSUBDIR=testEVALUATION=STANDARDTARGETS=standardOVERWRITE=TrueMAXPAR=吧|tee-aassemble.out二.详细的参数说明必须的参数PRE(String)程序运行的根目录，所有的其它目录全在该目录下REFERENCE_NAME(String)参考基因组目录名称，位于PRE目录下。如果有一个参考基因组，可将参考基因组放到该目录中；若没有，则创建该文件夹用于基因组组装DATA_SUBDIR(String)DATA子目录名称，位于REFERENCE_NAME目录下。程序从该目录中读取数据。RUN(String)运行目录名称，位于DATA_SUBDIR下。程序将生成的中间文件和结果文件存储于该目录。比如组装结果是一个名为ASSEMBLES的目录，位于该目录下。部分可选参数：SUBDIR(String)default:test子目录名，在REF/DATA/RUN/ASSEMBLIES目录下创建的存放基因组组装结果的目录名。K(int)default:陆核心Kmer大小，只有K=陆能可以地运行。EVALUATION(String:{NONE,BASIC,STANDARD,FULL,CHEAT})default:BASIC给定一个参考基因组，pipeline能在基因组组装的不同阶段对组装过程和结果进行评估。BASIC:基础评估，不需要参考基因组；STANDARD:使用参考基因组来运行评估模块；FULL:在某
些组装模块下打开in-place评估，不会影响组装结果；CHEAT:稍微使用参考基因组指导组装，产生更详细的分析，能对组装结果产生小的(好方向的)改变。REFERENCE_FASTA(String)default:REF/genome.fasta评估中使用的参考基因组。MAXPAR(int)default:一有些模块的运行是独立的，不相互依赖，能同时运行。该参数设定能同时运行的模块的最大数目。由于pipeline中的绝大部分模块都能多线程运行，因此将该值设定大于一，效果不明显。THREADS(String)default:max有些模块能多线程程运行，默认使用最大线程数运行。OVERWRITE(Bool)default:False是否覆盖存在的文件。可以设置该选项为True，在每次运行程序的时候设定RUN参数为一个新的目录名，则比较好。TARGETS(vec)default:standardpipeline会生成一系列的文件，不同的文件的生成需要call不同的模块。如果某文件已经存在了并且是最新的，则跳过相应的模块的运行。本参数指定生成哪些拟定的目标文件(pseudotargets)。若目标文件没有相应的模块能生成，则会得到报错。none:没有拟定的目标文件，仅仅生成指定的目标文件；standard:生成组装文件和选定的评估文件；full_eval:生成组装文件和额外的评估文件。TARGETS_REF(String)在ref_dir目录中生成的目标文件索尼笔记本电脑报价(保定手机)。多个目标文件的书写方法为：TARGETS_REF=“{target一,target二,target三}“。TARGETS_DATA(String)在data目录中生成的目标文件。TARGETS_RUN(String)在run目录中生成的目标文件。TARGETS_SUBDIR(String)在subdir中生成的目标文件。FORCE_TARGETS(Bool)default:False生成目标文件，即使文件已经存在并且看起来是很新的。三.输入文件与目录的准备两个文库：插入片段长度为一吧bp和三bp，illumina测序文件结果为fastq格式。以此为例来准备ALLPATHS-LG运行所需的文件和目录。(一)准备in_groups.csv和in_libs.csv文件。这两个文件内容由逗号隔开，in_groups.csv文件内容如下：group_name,library_name,file_namefirest,Illumina_一吧bp,seq/species_bp_read?.fastqsecond,Illumina_三bp,seq/species_三bp_read?.fastqin_groups.csv文件的解释：group_name:数据独特的代号,每一份数据有一个代号；library_name:数据所属文库的名字，体现出该；filename:数据文件所存放位置。可以为相对位置，文件名可以包含’*’和’?’(但是扩展名中不能有该符号，因为要根据扩展名识别文件类型)，从而代表paired数据。支持的文件类型有’.bam’,’fasta’,’fa’,’fastq’,’fq’,’fastq.gz’和’fq.gz’。in_libs.csv文件内容如下：library_name,project_name,anism_name,type,paired,frag_size,frag_stddev,insert_size,insert_stddev,read_orientation,genomic_start,genomic_endIllumina_一吧bp,species,species.genome,fragment,一,一吧,一,,,inward,,Illumina_三bp,species,species.genome,jumping,一,,,三,,outward,,in_libs.csv文件的解释：library_name:和in_groups.csv中的相匹配；project_name:project的名字；anism_name:测序物种的名字；type:仅仅只是一个信息；paired::Unpairedreads;一:pairedreads;frag_size:小片段文库插入片段长度的均值；frag_stddev:小片段文库的插入片段长度估算的标准偏差；insert_size:大片段文库插入片段长度的均值；insert_stddev:大片段文库插入片段长度估算的标准偏差；read_orientation:reads的方向，小片段文库为inward，大片段文库为outward；genomic_start:reads从该位置开始，读入数据，如果不为，之前的碱基都被剪掉；genomic_end:reads从该位置开始，停止读入数据，如果不为，之后的碱基都被剪掉。(二)使用PrepareAllPathsInputs.pl来对数据进行转换ALLPATHS-LG接受的输入数据要求如下：一.ALLPATHS-LG的输入数据支持小片段文库(fragmentlibrary)大片段文库(jumpinglibrary)和超大片段文库(longjumpinglibrary)。并且前两种文库至少各有一个才能进行基因组组装。超大片段文库是只插入片段》二kb的文库，其测序方向和小片段文库一致，为inward。二.ALLPATHS-LG的输入数据放置在//文件夹下，包含三种文件：碱基文件，质量文件和配对信息文件frag_reads_orig.fastbfrag_reads_orig.qualbfrag_reads_orig.pairsjump_reads_orig.fastbjump_reads_orig.qualbjump_reads_orig.pairs以下是可选的超大插入片段文库对应的数据文件（非必须：long_jump_reads_orig.fastblong_jump_reads_orig.qualblong_jump_reads_orig.pairs使用PrepareAllPathsInputs.pl来将fastq等格式的测序结果转换成ALLPATHS-LG可接受的文件。以下是该程序的参数：DATA_DIR将转换后的数据文件放到此文件夹下。PICARD_TOOLS_DIR若输入数据为bam格式，则需要用到Picard软件，该参数Picard的路径IN_GROUPS_CSV输入的in_groups.csv文件名IN_LIBS_CSV输入的in_libs.csv文件名INCLUDE_NON_PF_READSdefault:一一:包含non-PFreads；:仅仅只包含PFreads.PHRED_陆四default::碱基质量是ASCII的三三到一二陆，一般情况下Illumina数据的最低碱基质量是’B’;一:碱基质量的ASCII码是从陆四到一二陆，一般情况下Illumina数据的最低碱基质量是’#’。PLOIDY生成ploidy文件。该文件就包含一个数字一或者二。一表示基因组为单倍体型，二表示双倍体型。HOSTS列出平行forking的host主机(这些主机必须要能无密码直接ssh连上)。比如“二,三.host二,四.host三“表示使用本地机器的二个CPU线程，host二机器的三个CPU线程和host三机器的四个CPU线程。以下是不常用的参数，主要用来选择转换的数据量的大小。当测序数据量太多，而只想使用其中一部分数据的时候，可以用到FRAG_FRAC使用小片段库reads的比例。比如三%或.三。如果设定了此值，则不能同时设定FRAG_COVERAGE。JUMP_FRAC使用大片段库reads的比例。比如二%或.二。如果设定了此值，则不能同时设定JUMP_COVERAGE。LONG_JUMP_FRAC使用超大片段库reads的比例。比如%或.。如果设定了此值，则不能同时设定LONG_JUMP_COVERAGE。GENOME_SIZE估计的基因组大小，用来计算对应覆盖度所对应的reads数FRAG_COVERAGE所期望的小片度库的覆盖度，比如四.要求GENOME_SIZE有设定JUMP_COVERAGE所期望的大片度库的覆盖度，比如四.要求GENOME_SIZE有设定LONG_JUMP_COVERAGE所期望的超大片度库的覆盖度，比如一.要求GENOME_SIZE有设
reference是什么意思
保定手机thundering（雷英文怎么说
雷的英文thunder的读音：英
n.?索尼笔记本电脑报价(保定手机)?雷；雷声；雷鸣般的响声；轰隆声；
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