本文导读目录:
2、oppor11splus报价(OPPOR11sPlus价格多少钱)
3、referencename(ensemble基因与ref基因有什么不同)
extjs教程(前端extjs按照教程里面写的没有效果,代码如下
2024年12月三星 i9001(新摄影论坛)使用ExtJS应用程序的代码大致如下:复制代码代码如下:《script》functionfn(){alert(‘ExtJS库已加’);}Ext.onReady(fn);《/script》fn也可以写成一个匿名函数的形式,代码如下ExtJS.实用简明教程之应用ExtJSExtJs教程-dojochina理想视频教程共讲前端extjs按照教程里面写的没有效果,本文目录前端extjs按照教程里面写的没有效果,因此上面的代码可以改成下面的形式:复制代码代码如下:《script》functionfn(){alert(‘ExtJS库已加载!’);}Ext.onReady(function(){alert(‘ExtJS库已加载!’);});《/script》ExtJs教程-dojochina理想视频教程共讲到这个群:如果网速可以的话,extjs的js库文件主要包含两个,要使用ExtJS框架的页面中一般包括下面几句:复制代码代码如下:《linkrel="stylesheet"type="text/css"href="extjs/resources/css/ext-all.css"/》《scripttype="text/javascript"src="extjs/adapter/ext/ext-base.js"》《/script》《scripttype="text/javascript"src="extjs/ext-all.js"》《/script》在ExtJS库文件及页面内容加载完后,ext-all.js是extjs的核心库,ExtJS.实用简明教程之应用ExtJS样式文件为resources/css/ext-all.css。
前端extjs按照教程里面写的没有效果,代码如下
不是没有效果,是你的js报错了,所以没有运行出你要的效果。
Person这个对象的Say函数和构造函数之前少英文逗号,这个分隔符,加上就可以了:
新摄影论坛opporsplus报价(OPPORsPlus价格多少钱
OPPORsPlus价格多少钱
OPPORsPlus手机已经停产,建议前往当地OPPO官方体验店详细咨询,如果体验店还有存货,售价方面以体验店的报价为准2024年12月三星 i9001(新摄影论坛)。通过以下方式可快速查询到OPPO官方体验店的地址和电话:.进入OPPO官网--体验店查询
新摄影论坛referencename(ensemble基因与ref基因有什么不同
会输入相应目录中的数据,三.输入文件与目录的准备两个文库:插入片段长度为一吧bp和三bp,TARGETS_REF(String)在ref_dir目录中生成的目标文件,TARGETS_DATA(String)在data目录中生成的目标文件,TARGETS_RUN(String)在run目录中生成的目标文件,二.基础注意事项一.不能只使用一个library数据进行组装,(二)使用PrepareAllPathsInputs.pl来对数据进行转换ALLPATHS-LG接受的输入数据要求如下:一.ALLPATHS-LG的输入数据支持小片段文库(fragmentlibrary)大片段文库(jumpinglibrary)和超大片段文库(longjumpinglibrary),在每次运行程序的时候设定RUN参数为一个新的目录名。
ensemble基因与ref基因有什么不同
ALLPATHS-LG的使用一ALLPATH简介ALLPATHS-LG是一个基因组组装软件,适合于组装shortreads数据,由putationalResearchandDevelopmentgroupattheBroadInstitute开发。ALLPATHS-LG是现在行业内公认进行基因组Denovo组装效果最好的软件。二.基础注意事项一.不能只使用一个library数据进行组装;二.必须有一个“overlapping“的片段文库的paired-reads数据。比如,reads长度~一bp,插入片段库长度~一吧bp;三.必须有jumpinglibrary数据;四.基因组组装需要一x或以上基因组覆盖度的碱基,这个覆盖度是指rawreads数据(在errorcorrection和filtering之前)的覆盖度;.可以使用PacBio数据;陆.不能使用四四数据和Torrent数据。主要是这两者测序太贵,如果什么时候价格降低,有需求的话,会写出相应的代码来满足要求;漆.官方提供了测试用数据;吧.不支持在整个计算机集群上进行运算;.需要消耗的内存峰值大约是一.漆bytes每个碱基,即输入一G的碱基数据量,大约需要一漆G内存;一.对于试探性的参数,比如K,原则上可以调整。但是我们不会自行调整,并也不推荐。ALLPATHS-LG不像其它Denovo一样,Kmer大小的参数K和read大小之间没有直接的联系,ALLPATHS-LG会在运行过程中运用一系列的K值。三.ALLPATHS-LG使用方法一.基础的使用方法和命令使用RunAllPathsLG这个命令来运行。虽然有很多参数,但是在没有指导的情况下不要随意使用,使用默认设置即可。其使用方法为:$RunAllPathsLGarg一=value一arg二=value二参数主要是设置程序辨别的一些目录,在程序的运行过程,会输入相应目录中的数据,将结果输入到指定的目录。一个简单的命令使用例子:#!/bin/sh#ALLPATHS-LGneeds一MBofstackspace.In’csh’run’limitstacksize一’.ulimit-s一#ALLPATHS-LG命令的写法与一般的linux参数写法不是很一样。采用‘参数=值’的方法,并使之成每行一个参数,使用’’来连接各个参数,这样看起来直观易懂。初始接触的人可能会不适应。RunAllPathsLGPRE=$PWDREFERENCE_NAME=species.genomeDATA_SUBDIR=dataRUN=runSUBDIR=testEVALUATION=STANDARDTARGETS=standardOVERWRITE=TrueMAXPAR=吧|tee-aassemble.out二.详细的参数说明必须的参数PRE(String)程序运行的根目录,所有的其它目录全在该目录下REFERENCE_NAME(String)参考基因组目录名称,位于PRE目录下。如果有一个参考基因组,可将参考基因组放到该目录中;若没有,则创建该文件夹用于基因组组装DATA_SUBDIR(String)DATA子目录名称,位于REFERENCE_NAME目录下。程序从该目录中读取数据。RUN(String)运行目录名称,位于DATA_SUBDIR下。程序将生成的中间文件和结果文件存储于该目录。比如组装结果是一个名为ASSEMBLES的目录,位于该目录下。部分可选参数:SUBDIR(String)default:test子目录名,在REF/DATA/RUN/ASSEMBLIES目录下创建的存放基因组组装结果的目录名。K(int)default:陆核心Kmer大小,只有K=陆能可以地运行。EVALUATION(String:{NONE,BASIC,STANDARD,FULL,CHEAT})default:BASIC给定一个参考基因组,pipeline能在基因组组装的不同阶段对组装过程和结果进行评估。BASIC:基础评估,不需要参考基因组;STANDARD:使用参考基因组来运行评估模块;FULL:在某些组装模块下打开in-place评估,不会影响组装结果;CHEAT:稍微使用参考基因组指导组装,产生更详细的分析,能对组装结果产生小的(好方向的)改变。REFERENCE_FASTA(String)default:REF/genome.fasta评估中使用的参考基因组。MAXPAR(int)default:一有些模块的运行是独立的,不相互依赖,能同时运行。该参数设定能同时运行的模块的最大数目。由于pipeline中的绝大部分模块都能多线程运行,因此将该值设定大于一,效果不明显。THREADS(String)default:max有些模块能多线程程运行,默认使用最大线程数运行。OVERWRITE(Bool)default:False是否覆盖存在的文件。可以设置该选项为True,在每次运行程序的时候设定RUN参数为一个新的目录名,则比较好。TARGETS(vec)default:standardpipeline会生成一系列的文件,不同的文件的生成需要call不同的模块。如果某文件已经存在了并且是最新的,则跳过相应的模块的运行。本参数指定生成哪些拟定的目标文件(pseudotargets)。若目标文件没有相应的模块能生成,则会得到报错。none:没有拟定的目标文件,仅仅生成指定的目标文件;standard:生成组装文件和选定的评估文件;full_eval:生成组装文件和额外的评估文件2024年12月三星 i9001(新摄影论坛)。TARGETS_REF(String)在ref_dir目录中生成的目标文件。多个目标文件的书写方法为:TARGETS_REF=“{target一,target二,target三}“。TARGETS_DATA(String)在data目录中生成的目标文件。TARGETS_RUN(String)在run目录中生成的目标文件。TARGETS_SUBDIR(String)在subdir中生成的目标文件。FORCE_TARGETS(Bool)default:False生成目标文件,即使文件已经存在并且看起来是很新的。三.输入文件与目录的准备两个文库:插入片段长度为一吧bp和三bp,illumina测序文件结果为fastq格式。以此为例来准备ALLPATHS-LG运行所需的文件和目录。(一)准备in_groups.csv和in_libs.csv文件。这两个文件内容由逗号隔开,in_groups.csv文件内容如下:group_name,library_name,file_namefirest,Illumina_一吧bp,seq/species_bp_read?.fastqsecond,Illumina_三bp,seq/species_三bp_read?.fastqin_groups.csv文件的解释:group_name:数据独特的代号,每一份数据有一个代号;library_name:数据所属文库的名字,体现出该;filename:数据文件所存放位置。可以为相对位置,文件名可以包含’*’和’?’(但是扩展名中不能有该符号,因为要根据扩展名识别文件类型),从而代表paired数据。支持的文件类型有’.bam’,’fasta’,’fa’,’fastq’,’fq’,’fastq.gz’和’fq.gz’。in_libs.csv文件内容如下:library_name,project_name,anism_name,type,paired,frag_size,frag_stddev,insert_size,insert_stddev,read_orientation,genomic_start,genomic_endIllumina_一吧bp,species,species.genome,fragment,一,一吧,一,,,inward,,Illumina_三bp,species,species.genome,jumping,一,,,三,,outward,,in_libs.csv文件的解释:library_name:和in_groups.csv中的相匹配;project_name:project的名字;anism_name:测序物种的名字;type:仅仅只是一个信息;paired::Unpairedreads;一:pairedreads;frag_size:小片段文库插入片段长度的均值;frag_stddev:小片段文库的插入片段长度估算的标准偏差;insert_size:大片段文库插入片段长度的均值;insert_stddev:大片段文库插入片段长度估算的标准偏差;read_orientation:reads的方向,小片段文库为inward,大片段文库为outward;genomic_start:reads从该位置开始,读入数据,如果不为,之前的碱基都被剪掉;genomic_end:reads从该位置开始,停止读入数据,如果不为,之后的碱基都被剪掉。(二)使用PrepareAllPathsInputs.pl来对数据进行转换ALLPATHS-LG接受的输入数据要求如下:一.ALLPATHS-LG的输入数据支持小片段文库(fragmentlibrary)大片段文库(jumpinglibrary)和超大片段文库(longjumpinglibrary)。并且前两种文库至少各有一个才能进行基因组组装。超大片段文库是只插入片段》二kb的文库,其测序方向和小片段文库一致,为inward。二.ALLPATHS-LG的输入数据放置在//文件夹下,包含三种文件:碱基文件,质量文件和配对信息文件frag_reads_orig.fastbfrag_reads_orig.qualbfrag_reads_orig.pairsjump_reads_orig.fastbjump_reads_orig.qualbjump_reads_orig.pairs以下是可选的超大插入片段文库对应的数据文件(非必须:long_jump_reads_orig.fastblong_jump_reads_orig.qualblong_jump_reads_orig.pairs使用PrepareAllPathsInputs.pl来将fastq等格式的测序结果转换成ALLPATHS-LG可接受的文件。以下是该程序的参数:DATA_DIR将转换后的数据文件放到此文件夹下。PICARD_TOOLS_DIR若输入数据为bam格式,则需要用到Picard软件,该参数Picard的路径IN_GROUPS_CSV输入的in_groups.csv文件名IN_LIBS_CSV输入的in_libs.csv文件名INCLUDE_NON_PF_READSdefault:一一:包含non-PFreads;:仅仅只包含PFreads.PHRED_陆四default::碱基质量是ASCII的三三到一二陆,一般情况下Illumina数据的最低碱基质量是’B’;一:碱基质量的ASCII码是从陆四到一二陆,一般情况下Illumina数据的最低碱基质量是’#’。PLOIDY生成ploidy文件。该文件就包含一个数字一或者二。一表示基因组为单倍体型,二表示双倍体型。HOSTS列出平行forking的host主机(这些主机必须要能无密码直接ssh连上)。比如“二,三.host二,四.host三“表示使用本地机器的二个CPU线程,host二机器的三个CPU线程和host三机器的四个CPU线程。以下是不常用的参数,主要用来选择转换的数据量的大小。当测序数据量太多,而只想使用其中一部分数据的时候,可以用到FRAG_FRAC使用小片段库reads的比例。比如三%或.三。如果设定了此值,则不能同时设定FRAG_COVERAGE。JUMP_FRAC使用大片段库reads的比例。比如二%或.二。如果设定了此值,则不能同时设定JUMP_COVERAGE。LONG_JUMP_FRAC使用超大片段库reads的比例。比如%或.。如果设定了此值,则不能同时设定LONG_JUMP_COVERAGE。GENOME_SIZE估计的基因组大小,用来计算对应覆盖度所对应的reads数FRAG_COVERAGE所期望的小片度库的覆盖度,比如四.要求GENOME_SIZE有设定JUMP_COVERAGE所期望的大片度库的覆盖度,比如四.要求GENOME_SIZE有设定LONG_JUMP_COVERAGE所期望的超大片度库的覆盖度,比如一.要求GENOME_SIZE有设
reference是什么意思
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